Hiển vi huỳnh quang là một kỹ thuật đặc biệt của hiển vi quang học. Kỹ thuật này sử dụng ánh sáng huỳnh quang để làm nổi bật các cấu trúc trên mẫu sinh học đã cố định hoặc còn sống thay vì kỹ thuật hấp thụ ánh sáng hay tạo hiệu ứng pha và giao thao. Hiệu ứng huỳnh quang được tạo ra bởi thuốc nhuộm vô cơ, protein, hạt tổng hợp hoặc bởi cấu trúc tự phát huỳnh quang trên mẫu vật. Sự khác biệt cơ bản giữa hiển vi huỳnh quang và trương phản trường sáng là hiển vi huỳnh quang sử dụng ánh sáng phản xạ thay vì sử dụng ánh sáng truyền qua. Do đó, trục sáng trong hiển vi huỳnh quang có khác biệt lớn so với các kỹ thuật ánh sáng truyền qua.
Ngày nay, hiển vi huỳnh quang thường được sử dụng trong lĩnh vực nghiên cứu khoa học đời sống bởi vì nó có thể thực hiện được kỹ thuật nhuộm đa sắc, đánh dấu cấu trúc tế bào sống và thậm chí có thể đo lường trạng thái sinh lý tế bào. Có nhiều kỹ thuật hiển vi hiện đại như hiển vi đồng tiêu, hiển vi phân giải siêu cao hoàn toàn phụ thuộc vào nguyên lý huỳnh quang.
Trong bài viết hướng dẫn này sẽ giải thích các nguyên lý về hiển vi huỳnh quang.
